In der Schweiz gibt es ca. 140 Ameisenarten, wovon rund ein Drittel gefährdet ist. Bereits 1966 wurden – als erste Insekten überhaupt – alle hügelbildenden Roten Waldameisen vom Bund unter Schutz gestellt (Verordnung über den Natur- und Heimatschutz, SR 451.1, Anhang 3). Sie dürfen demzufolge nicht ohne behördliche Genehmigung gesammelt und ihre Nester sollten nicht zerstört werden. Zudem steht die Hälfte der Arten seit 1994 auf der Roten Liste der gefährdeten und bedrohten Tierarten.
Einerseits gehören insektenfressende Vogelarten, darunter insbesondere der Grünspecht, zu den natürlichen Feinden der Waldameisen. Andererseits können Naturkatastrophen ebenfalls zum Rückgang des Bestandes beitragen.
Allerdings stellt der Mensch die grösste Gefahr für Waldameisen dar. Er bedroht ihren Lebensraum durch intensive Nutzung landwirtschaftlicher Flächen, insbesondere im Flachland und durch die Zerstückelung der Wälder. Auch unachtsame Forst- und Landwirtschaftsarbeiten können zur Zerstörung von Ameisenhaufen führen. Die Waldameisen benötigen Orte, an welchen möglichst geringe Störungen durch den Menschen erfolgen.